امتنع أمين عام مجلس وزراء اليابان يوشيماسا هاياسي عن إدانة الضربة الأمريكية لإيران، مشيرا إلى أن سياق الممارسات الأمريكية يختلف عن الإسرائيلي.وخلال المؤتمر الصحفي، حاول الصحفيون مرارا الحصول على إجابة مباشرة من هاياسي حول ما إذا كانت طوكيو تدين تصرفات الولايات المتحدة كما أدانت تصرفات إسرائيل بعد الهجوم في 13 يونيو. وفي كل مرة، تجنب هاياسي تقديم إجابة واضحة سواء لدعم الإجراءات الأمريكية أو لإدانتها.

وأثار أحد الصحفيين تذكير الأمين العام بأن رئيس وزراء اليابان شيغيرو إيشيبا أدان ضربات إسرائيل التي تمت في وقت كانت الجهود الدبلوماسية جارية لحل الملف النووي الإيراني. وأشار الصحفي إلى أن الهجوم الأمريكي وقع أيضا أثناء اجتماع وزير الخارجية الإيراني مع نظرائه الأوروبيين لبحث الموقف.
ورد هاياسي: "جاء رد فعل الولايات المتحدة في سياق تبادل الضربات وتصاعد التوتر حول الملف النووي الإيراني. وتعتبر اليابان أن الولايات المتحدة سعت بجدية إلى الحوار حتى بعد بدء الهجمات المتبادلة بين إسرائيل وإيران، واستمرت في البحث عن حوار مع إيران، وفي هذا الإطار تعبر عن رغبتها في استقرار الوضع بأسرع وقت، كما تظهر عزمها على منع إيران من امتلاك أسلحة نووية. وفي هذا الصدد، أرى أن الوضع يختلف عن هجوم إسرائيل على إيران في 13 يونيو."
وفي صباح يوم الاثنين، نشرت وزارة الخارجية اليابانية بيانا باسم وزير الخارجية تاكيشي إيواي، أكدت فيه أن اليابان تأمل في استئناف الحوار لحل الملف النووي الإيراني عبر مشاورات بين الولايات المتحدة وإيران، لكنها تواصل التمسك بموقفها بعدم جواز تطوير طهران لأسلحة نووية. وبخصوص الضربة الأمريكية على المنشآت النووية الإيرانية، أشار البيان إلى أن الولايات المتحدة سعت بجدية إلى الحوار، لذا فإن ضربها للمنشآت الإيرانية يظهر عزم واشنطن على منع طهران من امتلاك أسلحة نووية وفي نفس الوقت تحقيق تخفيف التصعيد.